Pada akhir 1480-an, gambar religius yang intim, denah ruang diganti dalam karya Botticelli dengan komposisi skala besar, seolah ditujukan kepada audiens yang lebih besar. Jika pada tahun 1484-1489 Botticelli tampaknya puas dengan dirinya sendiri dan dengan tenang melewati masa kejayaan dan penguasaan, maka “San Marco Altar” sudah bersaksi tentang kebingungan perasaan, kekhawatiran dan harapan baru. Kekuatan dampak lukisan ini sebagian besar disebabkan oleh penafsiran visi surgawi, yang dipenuhi oleh motif-motif keagamaan dan simbolik dengan pewarnaan apokaliptik. Mereka terinspirasi oleh ajaran Savonarola di Florence, yang segera menyebabkan kudeta politik yang mengakhiri pengasingan Medici pada tahun 1494.
Dalam keputusan itu, intonasi yang berbeda sekarang terdengar semakin banyak, dipenuhi dengan suara dramatis yang tajam. Format karya Sandro pada periode ini tentang motif keagamaan diperbesar, yang memberi mereka makna baru. Contoh khas dari jenis komposisi ini adalah San Marco Altar, salah satu karya paling menonjol dari Botticelli.
Persatuan Perhiasan Florentine bertanggung jawab atas pemeliharaan dan dekorasi Gereja Dominika San Marco, salah satu kapel gereja didedikasikan untuk pelindung mereka, Saint Eligius. Gambar altar “Penobatan Maria bersama para Malaikat, Penginjil Yohanes dan Santo Agustinus, Jerome dan Eligius”, yang dikenal sebagai San Marco Altar, dilukis oleh Botticelli sekitar tahun 1488-1492, dimaksudkan untuk kapel ini. Fakta bahwa gambar altar ditugaskan oleh perhiasan menjelaskan penggunaan sejumlah besar emas dalam pekerjaan ini. Latar belakang emas di bagian atas gambar membatasi dunia selestial dan duniawi, namun demikian, mereka tetap membuat kontak di ruang gambar, interpretasi seperti itu tidak biasa untuk karya-karya pada waktu itu.
Bagian tengah mezbah ditandai oleh ciri-ciri kuno: angka-angka malaikat dan orang-orang kudus bervariasi dalam skala; ceruk yang fantastis di mana adegan penobatan tertutup kontras dengan interpretasi yang lebih realistis dari lingkungan spasial dari empat karakter utama. Dikelilingi oleh para malaikat yang gembira, Allah Bapa dan Perawan Maria duduk di atas takhta surgawi, di bawah kaki mereka – hamparan awan. Botticelli dengan mahir memasukkan cahaya surgawi dari sosok mereka ke bagian atas setengah lingkaran lukisan, yang konsisten dengan arsitektur kubah kapel.
Empat sosok santo yang monumental terletak dalam setengah lingkaran di padang rumput, dengan latar belakang lanskap dengan danau dan pantai berbukit. Rasul Yohanes, penulis Injil, Surat-surat dan Kiamat, digambarkan dengan sebuah buku terbuka yang diangkat, bertindak sebagai mediator antara visioner dan rotasi fantastis para malaikat di sekitar lengkungan pelangi kerubim dan serafim yang berbatasan dengan adegan Penobatan Maria. Munculnya malaikat dengan latar belakang sinar keemasan, dalam cahaya yang menyilaukan, di antara hujan mawar dan lanskap darat dengan bebatuan dan padang rumput yang lengang di mana orang-orang kudus berdiri, tampaknya menekankan kontras antara realitas surgawi yang menarik fantasi surgawi dan kesulitan dunia material.
Ada banyak kegembiraan dalam gambar malaikat, sikap sumpah St Jerome bernafas kepercayaan dan martabat. Pada saat yang sama, ada beberapa penyimpangan dari “kesempurnaan proporsi.” Ketegangan meningkat, yang, secara kebetulan, merujuk secara eksklusif ke dunia batin para karakter dan karenanya bukan tanpa kebesaran, ketajaman warna meningkat, menjadi semakin independen dari chiaroscuro.